TL;DR: Bevor Sie mit dem Onlinehandel beginnen, müssen die Vor- und Buchführungssystem eingerichtet und aufeinander abgestimmt sein. Wenn Sie "einfach mal so anfangen", kann das gutgehen (keine oder verständnisvolle Außenprüfung), genausogut kann es Sie aber auch ruinieren und die Arbeit vieler Jahre zunichte machen.

Der Handel über Online-Plattformen bringt einige Besonderheiten mit sich:

1. Häufig werden niedrigpreisige (trotzdem wertvolle, da nachgefragt und benötigt) Produkte mit einem hohen prozentualem Deckungsbeitrag 1 (VK/EK) gehandelt.
2. Häufig werden mehrere Plattformen (Multichannel) zum Vertrieb verwendet
3. Häufig werden mehrere Zahlungsdienstleister verwendet
4. Häufig kommt es zu grenzüberschreitendem Handel in der EU, manchmal hat der Verkäufer nicht einmal Einfluss hierauf.
5. Einige Dienstleister für deutsche Online-Händler sind in anderen Staaten ansässige Unternehmer.

Steuerrechtlich bedeutet dies:

1. Eine Einzelaufzeichnungspflicht für jeden Geschäftsvorfall besteht trotzdem. Dieser kann man auf verschiedene Arten und Weisen gerecht werden. Hierbei ist der Königsweg sicherlich die automatische Weitergabe der Verkäufe (einschließlich der digitalen Rechnung) aus dem Verkaufssystem (Vorsystem) an ein Buchführungssystem. Das Verfahren, nach dem Sie Ihre Aufzeichnungspflichten erfüllen muss ausgearbeitet und getestet sein, bevor Sie mit den Verkäufen beginnen. Wenn nach drei Jahren Handel auf ebay/Amazon und Co. eine Außenprüfung stattfindet, und Sie lassen die Aufzeichnungen erst dann von einem Steuerberater oder auch einem selbständigen Buchhalter in mühseliger Handarbeit erstellen, dann sind alle Gewinne der drei Jahre wieder weg (zumindest, wenn Sie in großer Stückzahl mit niedrigpreisigen Produkten handeln).
2. Bei Verkäufen über mehrere Plattformen, müssen diese in geeigneter Form in steuerlichen Aufzeichnungen / einer Buchführung zusammengeführt werden. Auch dies muss vor Beginn der Tätigkeit bzw. bei Hinzufügen eines Vertriebskanals ausgearbeitet werden. Die Kosten für nachträgliche Aufarbeitung steht in keinem Verhältnis zum Gewinn.
3. Die Zahlungen über die verschiedenen Zahlungsdienstleister sind den Verkäufen über die verschiedenen Plattformen zuzuordnen. Wenn das von Hand passieren muss, frisst es alle Ihre Gewinne. Es muss zwingend automatisiert sein, bevor mit dem Handel begonnen wird.
4. Der grenzüberschreitende Handel innerhalb der EU bringt besondere Aufzeichnungspflichten und Rechnungsstellungspflichten mit sich. Es sind B2B-Handel und B2C-Handel zu unterscheiden. Werden sowohl B2B als auch B2C-Verkäufe getätigt, ist je Verkauf zu unterscheiden. Im B2C-Handel sind Lieferschwellen auftragsgenau zu überwachen (die geltende Regelung kann sich also von einer zur nächsten Lieferung ändern). Wird das übersehen, so kann das ein sehr, sehr teurer Spaß werden.
5. Wird dies nicht (in der Umsatzsteuervoranmeldung) berücksichtigt, wird dies zu (teuren) Problemen bei der Umsatzsteuer, deren Steuerschuld sich ggf. nach § 13b UStG auf den Händler verlagert, führen. Insbesondere, wenn z.B. Amazon prozentuale Anteile vom Verkaufserlös einbehält.

Eine Anfangs unterlassen Automatisierung lässt sich viel zu häufig für zurückliegende Zeiträume nicht mehr herstellen. Dies hat schon (sehen Sie sich in Seller-Foren um) zu einiger Ernüchterung nach einer gewissen Zeit der Geschäftstätigkeit geführt. Laufen Sie nicht in diese Falle. Kein (?) Steuerberater oder selbständiger Buchhalter wird diese mühevolle Arbeit kostenlos für Sie nachholen.

Ausgenommen von diesen Besonderheiten ist der Handel in geringer Stückzahl mit hochpreisigen Produkten mit vernünftigem Deckungsbeitrag. Doch auch da empfiehlt sich die Automatisierung.